1月
1日：臺灣新兵役制度正式實(shí)施，包括兵役役期縮短為1年4個(gè)月；年滿(mǎn)19歲役男可提早1年入營(yíng)服役等。
即日起，全臺10個(gè)空軍警衛營(yíng)依據臺軍“精進(jìn)案”第二階段規劃，陸續移編憲兵部隊，改編為10個(gè)憲兵營(yíng)。
3日：“三項重大軍購案”在“立法院程序委員會(huì )”第44度遭到擱置。
“立法院”三讀通過(guò)“陸�？哲姺茥l例”，原“陸軍服制條例”、“海軍服制條例”、“空軍服制條例”同時(shí)廢止。
有臺軍人士向媒體爆料，由于臺軍新兵役制度實(shí)施，提前退伍的士兵高達2萬(wàn)人，而志愿役士兵多數還在訓練期，臺軍部分部隊已出現勤務(wù)難調配情況，致使軍官得去站崗放哨。
4日：“國防部副部長(cháng)”蔡明憲由主持中正預校校長(cháng)任職交接典禮，原任校長(cháng)洪廷舉少將，調任“國防部參謀本部”人事次長(cháng)室助理次長(cháng)，新任校長(cháng)由“國防部”人力司軍事教育處處長(cháng)夏玉人少將接任。
政戰學(xué)�！皣勒Z(yǔ)文中心”舉行移編編成典禮，改隸“國防部參謀本部”，此舉表明臺軍對外語(yǔ)人才培育的重視。
5日：臺灣軍方權威管道透露，臺軍之所以決定在南海太平島建機場(chǎng)跑道，主要是基于戰略考慮，以因應將來(lái)國際間有關(guān)南海談判。為此，“國防部”還在南海海域規劃兩個(gè)潛艦“伏擊區”，以備用兵不時(shí)之需。
6日：政治作戰學(xué)校舉行建校54周校慶，一名該校校友突然沖下觀(guān)禮臺，企圖去搶臺軍“政戰局長(cháng)”胡鎮埔的帽子，但被在場(chǎng)安全人員阻止并架走。該名自稱(chēng)吳覺(jué)民的男子被帶走時(shí)，還不斷高聲呼喊：“可恥政黨！全民刺扁！”
11日：臺軍澎防部用于兵棋推演的手提電腦失竊。
12日：“立法院”審查2006年度“中央政府總預算”，臺軍“三項重大軍購案預算”配合款112.3億元新臺幣全數遭到刪除。
“國防部政治作戰局”文宣政教處副處長(cháng)聞?wù)駠闲Ｔ凇傲⒎ㄔ骸北硎�，現行臺軍各官校校歌有許多地方不合時(shí)宜，“國防部”已經(jīng)要求各官校與軍種，針對不合時(shí)宜的軍歌做一些修訂。
13日：陳水扁在接見(jiàn)亞太議聯(lián)（APPU）日本國會(huì )議員訪(fǎng)問(wèn)團時(shí)表示，美日安保對話(huà)將臺海納入“安�！狈秶�，是美日臺三方共同利益所在，臺灣與日本雖無(wú)正式“外交”關(guān)系，但雙方可透過(guò)建立準軍事同盟，進(jìn)一步提升臺日實(shí)質(zhì)關(guān)系。
14日：島內媒體報道，臺軍計劃在2010年前淘汰服役超過(guò)30年的美制F5E戰機，而據“國防部”人士指出，根據美方建議，臺已在2005年10月的“臺美空軍會(huì )議”上提出斥資600億元新臺幣購買(mǎi)44架F16C/DBlock52戰機。
15日：“空軍通信航管信息聯(lián)隊”舉行成立59周年隊慶活動(dòng)。
16日：“憲兵司令部”在忠貞營(yíng)區舉行74周年慶。
19日：“國防部”在“2006年春節媒體軍事記者聯(lián)誼餐會(huì )”前，特別舉行大陸軍力情資說(shuō)明會(huì )，首度公布20幅大陸衛星偵照圖，說(shuō)明大陸陸軍二炮部隊、空軍重要基地、海軍主要艦隊基地以及各大軍區所設置的“戰術(shù)訓練基地”，希望民眾支持“軍購案”。
20日：“立法院”三讀通過(guò)“陸�？哲姺茥l例”修正案，將過(guò)去未納入規定的憲兵、海軍陸戰隊制服一并納入規定，建立臺軍統一完整的三軍服制體系。
23日：“國安會(huì )副秘書(shū)長(cháng)”柯承亨轉任“國防部副部長(cháng)”，“國安局副局長(cháng)”王進(jìn)旺轉任“海巡署長(cháng)”。
24日：臺軍自行研制、自行測試的第一套“Ｔ９１步槍射擊訓練輔助仿真系統”在陸軍步兵學(xué)校正式啟用。
臺空軍第四○一聯(lián)隊士官長(cháng)李明儒一家4人，因債務(wù)問(wèn)題在軍中宿舍打開(kāi)煤氣自殺而被送往醫院急救。
25日：為強化基層心輔工作，防杜意外事件，“金防部心衛中心”舉辦心理衛生專(zhuān)題講座。
2月
2日：“全民國防教育法”正式施行，“國防部”訂定“推動(dòng)全民國防教育杰出貢獻獎勵辦法”，并自“全民國防教育法”施行之日起施行。
3日：為配合即將于2006年2月起實(shí)施的“全民國防教育法”，臺“教育部”公布中、小學(xué)“全民國防教育”課程綱要草案，綱要核心內容包括“國防軍事”、“全民防衛”、“國防相關(guān)事務(wù)”三大主軸。
為便利臺軍使用高速公路戰備跑道作業(yè)順遂與安全，“國防部”修頒“臺軍使用高速公路戰備跑道作業(yè)程序”，以作為相關(guān)單位作業(yè)的依據。依據作業(yè)程序的規定，未來(lái)臺軍可使用的路段包括花壇、民雄、麻豆、仁德及佳冬等五段戰備跑道。
臺軍方證實(shí)，防衛部門(mén)反情報工作總隊少校副組長(cháng)陳明陽(yáng)與其情人張秀美，1日晚上在屏東市的租屋內燒炭自殺，陳明陽(yáng)死亡，張秀美重度昏迷。
6日：“國防部”高層透露，“漢光22號”演習已規劃加入美軍“馳援”兩岸發(fā)生戰事的兵棋推演軍事想定。
歐復興中將接任政戰學(xué)校校長(cháng)。歐復興，中將，政戰學(xué)校十六期、陸軍指參學(xué)院1983年班畢業(yè)，歷任臺陸軍第十軍團政戰主任、“金防部政戰主任”、“中科院政戰主任”等職。
7日：臺軍“軍事新聞網(wǎng)”報導，臺軍“專(zhuān)業(yè)志愿士兵暨儲備士官”今年將首度招收100名女兵。
蔣金城少將接任聯(lián)勤政戰主任。
同日：為讓民眾更了解臺軍戰備需求，“國防部”首度對外公開(kāi)“聯(lián)合作戰演訓中心”計算機兵棋系統（JTLS）。
同日：“國防部”公開(kāi)多項建軍規劃與戰備需求簡(jiǎn)報。根據“國防部”整合評估室分析，預判大陸至2010年，將可部署戰術(shù)與戰略導彈逾1800枚。
8日：一架隸屬臺軍花蓮空軍基地401聯(lián)隊的F16戰斗機因燃油外泄迫降清泉崗基地。
同日：澎湖縣傳出因為臺軍士兵煮面不合上司口味而被關(guān)禁閉的事件。
10日：臺灣軍方宣布新一波人事調整，陸�？杖姡ǹ偅┧玖罴埃ǹ偅┱鹁珠L(cháng)、高階政戰主管同時(shí)異動(dòng)。朱凱生、陳邦治、劉貴立三位陸�？哲姟八玖睢闭{任“總統府”戰略顧問(wèn)，新任陸�？哲姟八玖睢狈謩e由“政治作戰局局長(cháng)”胡鎮埔上將、“副參謀總長(cháng)”林鎮夷上將、“空軍副司令”沈國禎中將升任，沈國禎并晉升空軍二級上將。此外，新任“政戰局長(cháng)”由“金防部司令”吳達澎中將升任，并晉升陸軍二級上將；“國防部參謀本部陸軍副參謀總長(cháng)”職缺由“陸軍司令部副司令”趙世璋中將接任，并晉升陸軍二級上將……新人事自2月16日生效。
同日：“國防部”訂頒“國軍人員性騷擾處理實(shí)施規定”，延續過(guò)去既有的“國軍人員兩性營(yíng)規管理規范暨懲處原則”，訂定出具體作法、懲處規定，防止“性騷擾”事件發(fā)生。
11日：美國在臺協(xié)會(huì )宣布，職業(yè)外交官楊蘇棣將于3月份出任其臺北辦事處新任處長(cháng)，接替已經(jīng)去職的包道格。
13日：國民黨主席馬英九在訪(fǎng)問(wèn)歐盟時(shí)表示，若2008年國民黨執政，將與大陸協(xié)商兩岸和平協(xié)議的架構，進(jìn)而與大陸建立軍事互信機制，形成兩岸共同市場(chǎng)，并討論臺灣爭取國際空間的問(wèn)題。
14日： 李杰主持“國防大學(xué)”原任校長(cháng)費鴻波上將、新任校長(cháng)曾金陵上將交接暨授勛典禮。
15日：陳水扁在“總統府”親自主持“空軍司令部司令”沈國禎、“聯(lián)合后勤司令部司令”季麟連、“政治作戰局局長(cháng)”吳達澎、“參謀本部陸軍副參謀總長(cháng)”趙世璋、“參謀本部海軍副參謀總長(cháng)”王立申等5位晉升二級上將的授階儀式。
20日：“參謀總長(cháng)”李天羽一級上將代表“國防部長(cháng)”李杰，頒贈二等云麾大綬勛章給薩爾瓦多參謀總長(cháng)卡塞雷斯中將，表彰他對促進(jìn)“中薩兩國”傳統軍誼的卓越貢獻。
同日：東森新聞報道，“漢光22號”演習計算機兵棋推演，是以北京2008年后舉兵攻臺為假設。同時(shí)，此次演習重點(diǎn)置于解放軍“占臺”而非往年的“攻臺”；整個(gè)戰場(chǎng)也遍及臺灣本島，非僅局限于臺海作戰。
21日：“國防部”公布臺軍2006年度部隊訓練流程規劃，稱(chēng)今年將由各作戰區（防衛部）整合運用責任區內三軍部隊，采取“全面、全裝、實(shí)兵、實(shí)作”方式實(shí)施演練。
同日：“三項重大軍購案”及監察院人事同意權行使案等，在“立法院程序委員會(huì )”再次遭泛藍封殺。
22日：美國會(huì )軍隊、交通暨國土安全委員會(huì )眾議員羅伯席門(mén)斯前往臺北市政府拜會(huì )市長(cháng)馬英九，交換兩岸、軍購等意見(jiàn)。
25日：“憲兵司令”沈世籍中將主持憲兵學(xué)校70周年慶。
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